Orgánmi VSP Južného Gemera sú:
- Valné zhromaždenie (Najvyšší orgán VSP Južný Gemer)
- Rada združenia (Výkonný orgán VSP Južný Gemer)
- Štatutárny orgán (Predseda a Podredseda VSP Južný Gemer)
- Výberová komisia
- Monitorovací výbor
- Revízna komisia (Kontrolný orgán VSP Južný Gemer)